在藏地，人们共称有三大文殊，即格鲁派的宗喀巴大师，萨迦派的萨迦班智达根嘎嘉村，宁玛派的全知无垢光尊者。法王以不可言说的修持力一一面见文殊三大化身的尊颜，并在他们面前聆听法要传承，获得灌顶加持。

当年在石渠求学，初学因明《量理宝藏论》时，对有些深奥的因明术语略微觉得难懂，就一缘专注猛厉祈祷上师本尊。一天晚上光明梦境中，萨迦班智达显现，为他传授了一遍《真实名经》并赐予殊胜加持。醒来以后，对显密一切法要无所不知，尤其是因明的所有问题迎刃而解。他一直睡了两三天，醒来后异常兴奋，喃喃地说：“我病了。”

1981年（木鸡年）冬天，为佛学院数以千计的弟子传授密续《大幻化网》期间，也是屡次出现吉兆瑞相。一日，法王在寝室中闭目沉思，蓦然间睁开双目，只见五彩的光芒中，全知无垢光尊者与益西措嘉佛母飘然降落，赐予他“大幻化网”甚深灌顶，完毕后腾空而去。法王欣喜之余，立即将灌顶仪轨全部记录下来，现收集于他的作品中。后来，法王为海内外弟子赐此灌顶时，用的就是这个仪轨。

1986年（火虎年）7月20日，法王安闲地坐在床榻上，突然眼前掠过一道刺眼的白光，一位头带班智达黄色长耳帽、身着三衣、面如冠玉的大士降临在面前。他马上认出这位尊者是宗喀巴大师，于是上前见礼。大师为他传授《三主要道论》后，微笑着说：“我今在至尊弥勒菩萨座下，名为文殊藏。如今你的弟子中若有人背诵我的《三主要道论》法要，受持八关斋戒，以法性力的加持，暂时一定可以转生到兜率天享受法乐，将来我成佛为狮子吼如来时，成为我的首座眷属。”说罢化光而逝。法王将此经历讲述给弟子们听，之后道孚、炉霍等地格鲁派的大格西、僧人们纷纷前来求法。遵照宗喀巴大师所说，背诵《三主要道论》、守持净戒的人与日俱增。

因为法王曾亲自面见各派教主，致使如今藏传佛教中鼎足而立的格鲁、萨迦、宁玛等各大教派友好团结，关系十分融洽。