佛教多年来遭受重创，内部一片混乱。法王从那时起，开始着重弘传律藏，让许多僧人受沙弥戒、比丘戒，建议几个规模较大的僧团重整旗鼓，修复、重建寺院，僧人们披袈裟、着僧衣，在寺院中广泛开展闻思修。

1985年（木牛年），法王为三千多僧人传授《教藏集》大灌顶，并且认为：僧团内部存在着种种弊病，进行一次声势浩大的整顿势在必行。他当机立断召集藏地各大寺院的住持、威望颇高的大德们共议此事。他们一致赞同法王的建议，都认为这是当务之急。

随后发布了一份《公函》，其主要内容是：修行人必须闻思修行、清净戒律、弘法利生。中心意旨是：除了个别宛如群星围绕明月般的密咒师以外，寺院里僧人必须全部出家，受持清净的别解脱戒。按照经续要求，戒律不清净和破密宗誓言之人，一律不准与僧众共住。身为僧人，应当认真闻思修，放弃一切世间琐事，具备作为应供的资格。此《公函》在四川、青海、甘肃为主的大小寺庙中好似起死回生的妙药，使奄奄一息的僧团重新有了生命力。

此次整顿困难重重，出现了许多始料未及的违缘，但法王临危不惧，最终取得了胜利。他老人家曾略带伤感地说：“没有进行这次整顿之前，在家人、出家人当中无一不对我恭敬拥戴。自从整顿后，许多人对我恨之入骨，无端诽谤。可是，想到佛教已如夕阳一般，如果不进行整顿，顺其自然，它将危在旦夕。为了延续佛法慧命，我宁愿献出自己的生命，遇到任何险阻也不会退缩……”

如今，以藏地寺院为主的海内外僧团能净持戒律，井然有序，完全是法王当年激浊扬清、兴利除弊的结果。这也是佛教史上不可磨灭的里程碑。